Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 12 Duri Kosambi Jakarta berdiri sejak tahun 1997, saat itu masih berstatus sebagai kelas jauh (KJ) dari MAN 10 Joglo Jakarta Barat. Seiring perjalanan waktu, MAN 10 KJ Duri Kosambi berkembang pesat. Dari tahun ke tahun jumlah siswanya semakin meningkat, fasilitas madrasah semakin memadai, dan Sumber DayaManusia-nyapun semakin profesional. Pada tanggal 30 Desember 2003, melalui SK Menteri Agama No. 558, Pemerintah menetapkan MAN 10 KJ Duri Kosambi menjadi MAN 12 Duri Kosambi Jakarta, dan Drs. M. Yunus,M.Pd. ditetapkan sebagai Kepala Madrasah.